Cependant, l'abbé Constant Toussaint, dans le Dictionnaire de théologie catholique, à l'article « Clément d'Alexandrie » (III, col. 140-141), en écrit : « Dès les III^e, IV^e et V^e siècles, de nombreux et imposants témoignages sont rendus en faveur de la science, de l'orthodoxie, de la vertu et parfois de la sainteté de Clément. (...) Voir notamment les témoignages de saint Alexandre de Jérusalem, de saint Épiphane, de saint Cyrille d'Alexandrie, de saint Jérôme, de saint Jean Damascène, etc. »

Un docteur de l'Église aussi averti que saint François de Sales fait référence à Clément d'Alexandrie comme à un auteur orthodoxe et sûr. Dans les Controverses, il n'hésite pas à l'opposer aux protestants à propos du canon des Écritures, avec saint Cyprien, saint Ambroise, saint Augustin et, dit-il, « le reste des Pères » (Œuvres complètes publiées par la Visitation d'Annecy, I, p. 132). Dans un sermon pour le jeudi après le premier dimanche de Carême, il en cite « un remarquable exemple à propos des temples d'Egypte » (Œuvres complètes publiées par la Visitation d'Annecy, VIII, p. 347). Dans des « Notes théologiques » datées de 1594-1596, il relève une raison que propose Clément d'Alexandrie concernant la possibilité de connaître les vérités naturelles, et souligne que Clément est le seul à apporter cette intéressante preuve (Œuvres complètes publiées par la Visitation d'Annecy, XXIII, p. 8).